Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice
暫譯: 生物資訊學、生物計算與 Perl：生物資訊計算技能與實務入門

Michael Moorhouse, Paul Barry

Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice

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商品描述

Description:

Bioinformatica, Biocomputing and Perl presents an extended tutorial introduction to programming through Perl, the premier programming technology of the bioinformatics community. Even though no previous programming experience is assumed, completing the tutorial equips the reader with the ability to produce powerful custom programs with ease.

Working with Data applies the programming skills acquired to processing a variety of bioinformatics data. In addition to advice on working with important data stores such as the Protein DataBank, SWISS-PROT, EMBL and the GenBank, considerable discussion is devoted to using bioinformatics data to populate relational database systems. The popular MySQL database is used in all examples.

Working with the Web presents a discussion of the Web-based technologies that allow the bioinformatics researcher to publish both data and applications on the Internet.

Working with Applications shifts gear from creating custom programs to using them. The tools described include Clustal-W, EMBOSS, STRIDE, BLAST and Xmgrace. An introduction to the important Bioperl Project concludes this chapter and rounds off the book.

Each chapter contains a series of maxims designed to highlight key points and there are exercises to supplement and cement the introduced material. Source code, related links, errata and presentation materials are provided at glasnost.itcarlow.ie/~biobook/index.html (in PowerPoint format).

 

 Table of Contents:

Preface.

1. Setting the Biological Scene.

2. Setting the Technological Scene.

I: WORKING WITH PERL.

3. The Basics.

4. Places to Put Things.

5. Getting Organised.

6. About Files.

7. Patterns, Patterns and More Patterns.

8. Perl Grabbag.

II: WORKING WITH DATA.

9. Downloading Datasets.

10. The Protein Databank.

11. Non-redundant Datasets.

12. Databases.

13. Databases and Perl.

III: WORKING WITH THE WEB.

14. The Sequence Retrieval System.

15. Web Technologies.

16. Web Automation.

IV: WORKING WITH APPLICATIONS.

17. Tools and Datasets.

18. Applications.

19. Data Visualisation.

20. Introducing Bioperl.

Appendix: A—F. 

Index.

商品描述(中文翻譯)

**描述：**
《生物資訊學、生物計算與Perl》提供了一個擴展的Perl程式設計入門教程，這是生物資訊學社群的主要程式設計技術。即使不假設有任何先前的程式設計經驗，完成這個教程將使讀者能夠輕鬆地製作出強大的自訂程式。

《處理數據》將所學的程式設計技能應用於處理各種生物資訊學數據。除了提供有關處理重要數據庫（如Protein DataBank、SWISS-PROT、EMBL和GenBank）的建議外，還大量討論如何使用生物資訊學數據來填充關聯數據庫系統。所有示例均使用流行的MySQL數據庫。

《處理網路》討論了使生物資訊學研究人員能夠在互聯網上發布數據和應用程序的網路技術。

《處理應用程序》則從創建自訂程式轉向使用這些程式。所描述的工具包括Clustal-W、EMBOSS、STRIDE、BLAST和Xmgrace。本章結尾介紹了重要的Bioperl專案，並為本書畫上句點。

每一章都包含一系列的格言，旨在突出關鍵點，並有練習題來補充和鞏固所介紹的材料。源代碼、相關鏈接、勘誤和演示材料可在glasnost.itcarlow.ie/~biobook/index.html（以PowerPoint格式）獲得。

**目錄：**
前言。
1. 設定生物場景。
2. 設定技術場景。
I：使用Perl。
3. 基礎知識。
4. 放置事物的地方。
5. 組織。
6. 關於文件。
7. 模式、模式和更多模式。
8. Perl雜項。
II：處理數據。
9. 下載數據集。
10. 蛋白質數據庫。
11. 非冗餘數據集。
12. 數據庫。
13. 數據庫與Perl。
III：處理網路。
14. 序列檢索系統。
15. 網路技術。
16. 網路自動化。
IV：處理應用程序。
17. 工具和數據集。
18. 應用程序。
19. 數據可視化。
20. 介紹Bioperl。
附錄：A—F。
索引。

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