Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice

Michael Moorhouse, Paul Barry

Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice

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商品描述

Description:

Bioinformatica, Biocomputing and Perl presents an extended tutorial introduction to programming through Perl, the premier programming technology of the bioinformatics community. Even though no previous programming experience is assumed, completing the tutorial equips the reader with the ability to produce powerful custom programs with ease.

Working with Data applies the programming skills acquired to processing a variety of bioinformatics data. In addition to advice on working with important data stores such as the Protein DataBank, SWISS-PROT, EMBL and the GenBank, considerable discussion is devoted to using bioinformatics data to populate relational database systems. The popular MySQL database is used in all examples.

Working with the Web presents a discussion of the Web-based technologies that allow the bioinformatics researcher to publish both data and applications on the Internet.

Working with Applications shifts gear from creating custom programs to using them. The tools described include Clustal-W, EMBOSS, STRIDE, BLAST and Xmgrace. An introduction to the important Bioperl Project concludes this chapter and rounds off the book.

Each chapter contains a series of maxims designed to highlight key points and there are exercises to supplement and cement the introduced material. Source code, related links, errata and presentation materials are provided at glasnost.itcarlow.ie/~biobook/index.html (in PowerPoint format).

 

 Table of Contents:

Preface.

1. Setting the Biological Scene.

2. Setting the Technological Scene.

I: WORKING WITH PERL.

3. The Basics.

4. Places to Put Things.

5. Getting Organised.

6. About Files.

7. Patterns, Patterns and More Patterns.

8. Perl Grabbag.

II: WORKING WITH DATA.

9. Downloading Datasets.

10. The Protein Databank.

11. Non-redundant Datasets.

12. Databases.

13. Databases and Perl.

III: WORKING WITH THE WEB.

14. The Sequence Retrieval System.

15. Web Technologies.

16. Web Automation.

IV: WORKING WITH APPLICATIONS.

17. Tools and Datasets.

18. Applications.

19. Data Visualisation.

20. Introducing Bioperl.

Appendix: A—F. 

Index.

商品描述(中文翻譯)

描述：
《Bioinformatica, Biocomputing and Perl》是一本針對生物信息學社區的首選編程技術Perl進行延伸教程介紹的書籍。即使讀者沒有任何編程經驗，通過完成這本教程，讀者將能夠輕鬆製作強大的自定義程序。

《處理數據》一章將所學的編程技能應用於處理各種生物信息學數據。除了關於如何處理重要數據存儲庫（如蛋白質數據庫、SWISS-PROT、EMBL和GenBank）的建議外，還專門討論了如何使用生物信息學數據填充關聯數據庫系統。所有示例都使用了流行的MySQL數據庫。

《使用網絡》一章討論了基於網絡的技術，使生物信息學研究人員能夠在互聯網上發布數據和應用程序。

《使用應用程序》一章從創建自定義程序轉向使用它們。介紹的工具包括Clustal-W、EMBOSS、STRIDE、BLAST和Xmgrace。本章還介紹了重要的Bioperl項目，為本書作了總結。

每章都包含一系列格言，旨在突出重點，並提供練習來補充和鞏固所介紹的內容。源代碼、相關鏈接、勘誤和演示材料可在glasnost.itcarlow.ie/~biobook/index.html（PowerPoint格式）上獲得。

目錄：
前言。
1. 生物學背景。
2. 技術背景。
I：使用Perl。
3. 基礎知識。
4. 放置事物的位置。
5. 組織工作。
6. 關於文件。
7. 模式、模式和更多模式。
8. Perl Grab Bag。
II：處理數據。
9. 下載數據集。
10. 蛋白質數據庫。
11. 非冗余數據集。
12. 數據庫。
13. 數據庫和Perl。
III：使用網絡。
14. 序列檢索系統。
15. 網絡技術。
16. 網絡自動化。
IV：使用應用程序。
17. 工具和數據集。
18. 應用程序。
19. 數據可視化。
20. 介紹Bioperl。
附錄：A-F。
索引。

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